PEM va AEM yonilg'i xujayralarida ishlatiladigan ikki xil turdagi elektrolitlarga ishora qiladi. PEM proton almashinuvi membranasini, AEM esa Anion almashinuv membranasini anglatadi.
PEM va AEM o'rtasidagi asosiy farq ular tashadigan iondir. PEMlar protonlarni, AEMlar esa anionlarni tashiydi. PEM yonilg'i xujayrasida vodorod gazi platina katalizatori orqali o'tadi, u vodorod molekulalarini proton va elektronlarga ajratadi. PEM faqat protonlarning o'tishiga imkon beradi, elektronlar esa elektr energiyasini ishlab chiqaradigan tashqi kontaktlarning zanglashiga olib o'tishga majbur bo'ladi. Boshqa tomondan, AEM yonilg'i xujayrasida kislorod gazi gidroksid ionlarini hosil qiluvchi katalizator orqali o'tadi. AEM faqat gidroksid ionlarining o'tishiga imkon beradi, musbat zaryadlangan ionlar esa elektr energiyasini ishlab chiqaradigan tashqi kontaktlarning zanglashiga olib o'tishga majbur bo'ladi.
PEM va AEM o'rtasidagi yana bir farq ularning ishlash shartlari. PEM to'g'ri ishlashi uchun nisbatan past harorat (taxminan 80-100 daraja) va nam muhit talab qilinadi. Boshqa tomondan, AEMlar yuqori haroratlarda (120-150 darajagacha) ishlay oladi va nam muhitni talab qilmaydi.
Ishlash nuqtai nazaridan, PEMlar AEM larga qaraganda yuqori quvvat zichligi va samaradorligiga ega, ammo ularni ishlab chiqarish qimmatroq. Boshqa tomondan, AEM'larni ishlab chiqarish arzonroq, ammo unumdorligi past.
Umuman olganda, PEM va AEM o'rtasidagi tanlov yonilg'i xujayrasi qo'llanilishining o'ziga xos talablariga bog'liq. PEMlar odatda avtomobil ilovalarida qo'llaniladi, AEMlar ko'pincha binolar uchun zaxira quvvat tizimlari kabi statsionar ilovalarda qo'llaniladi.
